Os Grupos de Trabalho, instituídos pelo Plenário do Conselho Municipal de Saúde, têm a finalidade de fornecer subsídios de ordem técnica, administrativa, econômico–financeira e jurídica com prazo determinado de funcionamento, devendo ser compostos por no mínimo 02 (dois) conselheiros, mantendo-se a paridade, além de outros membros não conselheiros. Os atuais grupos de trabalho são:
- Grupo de Trabalho de Combate ao Absenteísmo
- Grupo de Trabalho dos Agentes Comunitários de Saúde
- Grupo de Trabalho – Regiões Bosque, Talhado, Represa
- Grupo de Trabalho – Região Central
- Grupo de Trabalho – Região CEU
- Grupo de Trabalho – Região Cidade da Criança
- Grupo de Trabalho – Regiões HB, Schmitt, Vl Toninho
- Grupo de Trabalho – Região Pinheirinho